Церковь Иоанна Предтечи в Ярославле является одним из самых значительных памятников ярославского зодчества. Храм расположен на берегу реки Которосли. Раньше это было предместье города, заселенное, в основном, кожевниками, и называлось оно Толчковской слободой. Среди жителей слободы было немало зажиточных купцов и кожевников. Сама слобода была немалая, а церковь Вознесения, построенная на средства жителей в 1665 году — небольшой. Вот и решили отстроить новый храм, да такой, какого еще не было в Ярославле по красоте и роскоши.
В грамоте от 15 августа 1671 года митрополит Иона дает разрешение на постройку храма в честь праздника Усекновения главы Иоанна Предтечи с двумя приделами: один — во имя трех святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого; другой — во имя Казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия.
Средства собирали не только у жителей слободы, но и далеко за ее пределами: дьякон Родион ездил даже в Казань, откуда привез щедрые приношения. Книга по учету пожертвований воскрешает полную картину: кто приносит слиток серебра, кто кружева на 32 рубля, а кто огородную землю с постройками. Отдавали и торговые лавки, и дома, кто-то отдал заводик, а казанские жертвователи – царские врата, которые долгие годы украшали придел Казанских святителей.
Шестнадцать лет строился этот храм. В конструкции использовались лекальные кирпичи, что было свойственно ярославской зодческой школе. Кирпичные стены, усеянные изразцовыми вставками, «дают впечатление затейливого ковра, немного выцветшего и потемневшего от времени и потому особенно гармоничного».
Храм представлял собой четырехстолпную пятиглавую церковь с крытыми одноэтажными галереями с трех сторон, что было типично для Ярославля. Входом в галереи были три высокие щипцовые крыльца на столбах. Храм имел два симметричных придела. Как правило, приделы выполнялись ниже основного уровня, но здесь они были выполнены одинаковыми по высоте с основным кубом, что создавало впечатление особой грандиозности храма. Необычность храму придавали также выполненные вместо традиционных куполов изящные пятиглавия, которыми были увенчаны два предела, впервые использованные в ярославском зодчестве. Грандиозная по размерам (ее высота достигала 44 метров), фантастическая по силуэту своих 15 глав церковь Иоанна Предтечи ослепляла роскошью декоративного убранства и мастерством его выполнения.
Не менее роскошным было и внутреннее убранство. 16 лучших мастеров под руководством Димитрия Григорьева Плеханова, потомственного иконописца, и молодого иконописца Феодора Игнатьева занимались его росписью. В росписи представлено множество сюжетов из Ветхого и Нового завета, из истории русской православной церкви, из жития святых. По числу стенописных сюжетов, а их в храме 500, церковь Иоанна Предтечи — первый в христианском мире! Некоторые наиболее значимые стенописные изображения получили в XVIII веке оформление в виде чеканных серебряных венцов.
В алтаре представлен цикл из 18 композиций на тему «Толкование литургии», один из наиболее полных в восточно-христианском искусстве. Здесь помещены сюжеты православных праздников и события земной жизни Христа. Многие сюжеты византийского происхождения: «Великое зерцало», «Лимонарь, сиречь цветник» и т. д. В девять ярусов расписаны стены уникальными по красочности и по сюжетам фрагментами. Пять нижних ярусов занимал месяцеслов (святцы), где последовательно по месяцам и дням изображены святые и праздники. В шестом ряду подробно изображены сцены жизни Иоанна Крестителя: бегство Елисаветы с младенцем Иоанном в горы, ведение ангелом Иоанна в пустыню, проповедь Иоанна и его деяния при дворе царя Ирода. Изображен вещий сон Ирода: орел выклевывает ему глаза. По количеству сюжетных картин, которых в храме более 500, храм не имеет себе равных в мире. Интересно, что храм был расписан всего лишь за один год: с 5 июня 1694 года по 6 июля 1695 года.
Едва ли не большую ценность представляли иконы храма, многие из которых были намного древнее самого храма, так как были пожертвованы благочестивыми ярославцами. Наиболее известной была храмовая икона Усекновения главы Иоанна Предтечи. Богато осыпанная драгоценностями: жемчугом, гранатами и другими драгоценными камнями, древнего греческого письма, она почиталась как чудотворная. Замечательна икона Вознесения Господня, очень интересна икона «Символ веры» и много других редких икон.
Особую ценность представляли царские врата придела Казанских святителей Гурия и Варсонофия. Как говорилось выше, они были пожертвованы казанскими благотворителями уже в готовом виде. Деревянная резьба с позолотой на цветной подложке выполнена ювелирно, напоминая изящество китайских мастеров. Посещавший храм в июне 1863 года цесаревич Николай Александрович особо отметил ценность этих врат и высказал желание не поновлять их, чтобы избежать внесения каких-либо изменений в изысканный узор.
В конце XVII- начале XVIII века рядом с храмом была построена шестиярусная колокольня в стиле «московского барокко». Высота ее 45 метров, соразмерна высоте центральной главы храма. И церковь, и колокольня — самые высокие в Ярославле. 4 верхних яруса колокольни прорезаны арками звона. Широкий карниз третьего яруса, проемы арок и декоративные башенки, щедро украшены ковровым белокаменным узором.
До революции к храму, этой жемчужине русского зодчества, относились с большим вниманием: в 1830 году были возобновлены некоторые фрески, а в 1855 году вызолочен иконостас. Кирпичный пол храма был заменен на чугунный. В 1894 году храм посетил министр финансов С.Ю. Витте и отметил, что храм требует капитального ремонта. Реставрационные работы начались в 1903 году. К 1906 году церковь Иоанна Предтечи в Ярославле была восстановлена во всем древнем великолепии.
Была проведена полная замена фундамента: каменные булыжники, на которых был построен храм, были заменены бетонными плитами под храмом и кирпичными по периметру, так как именно неравномерная осадка фундамента была причиной возникновения существенных трещин. Были промыты и отреставрированы стенные росписи и иконы всего иконостаса. Чугунный пол был заменен плиточным, позолочены 15 куполов храма.
В 1929-1931 гг. церковь Иоанна Предтечи и теплый Вознесенский храм были закрыты, а в январе 1933 г. церковь Иоанна Предтечи передается в ведение Ярославского музея. В 1936 г. завод «Победа рабочих» включил здание храма в свою территорию, используя его в качестве склада зерна и химических веществ. Благодаря вмешательству Главнауки варварское использование храма удалось приостановить. Теплая Вознесенская церковь снесена в начале 1950-х годов. Церковь Иоанна Предтечи ныне входит в состав Ярославского музея-заповедника, но и сейчас располагается на территории лакокрасочного завода «Победа рабочих».
В 1950-х годах были проведены уникальные работы по ликвидации крена колокольни, достигавшей в верхней отметке почти метра и грозившего обрушением здания. Церковь Иоанна Предтечи была последним храмом «высокого ярославского стиля», памятник архитектуры и древнерусской живописи мирового значения.