Снетогорский монастырь был построен в трех с половиной верстах от Пскова вниз по течению Великой. Он занимает вершину круглой горы, образующей мыс, который круто огибает река. В сторону города гора обрывается, и над водой нависают крупные выступы слоистого камня. Название горы «Снетная» происходит от слова «снеть» — снеток — крошечная рыбка, которой так славится Псков. Из Псковского озера снеть ходила нереститься вверх по Великой в Пскову-реку. Летописец рассказывает, что в иные годы снеть решетом брали. Она заходила и в залив у подножия Снетной горы, дав название и ей и построенному здесь монастырю.
Если плыть во Псков по Великой от ее устья, то в какой-то момент Снетная гора начнет казаться большим круглым островом, занимающим середину реки. В прежнее время ее венчал восьмидесятиметровый столп колокольни, почти не уступавший по высоте московскому Ивану Великому. Гора служила естественным подножием этой огромной архитектурной вертикали, объединяющей весь ландшафт, и теперь утрата колокольни особенно остро ощущается.
Дата основания монастыря неизвестна. Впервые он упоминается в 1299 году, когда летописец рассказывает о нападении немцев на Мирожский и Снетогорский монастыри. (В числе убитых были игумены этих монастырей Василий и Иосиф и черноризцы «и жены и малые детки».) Древнейшая, дошедшая до нас постройка монастыря — каменный собор Рождества Богородицы сооружен в 1310 году и вскоре был расписан.
В начале XVI века монастырь получил каменную трапезную палату со столпообразной церковью (в 1519 году) и восьмигранную церковь «под колоколы», увенчанную высоким шатром. Кельи и ограда оставались деревянными. Таким монастырь изображен на иконе, находящейся в Псковском музее. Таким монастырь встретил Стефана Батория в 1581 году. Один из участников осады Пскова писал: «А по окрестностям города было более сорока монастырей каменных и между ними на крутой горе Снетогорский с высокою башнею и стенами наподобие замка». Монастырь получил каменные ворота в XVII веке и каменную ограду в XIX веке.
Снетогорский монастырь был очень богат и занимал среди псковских монастырей особое положение. Сюда уходили состоятельные псковичи не для того, чтобы исполнить суровый обет, а чтобы избавиться от всяких обязанностей и пожить на свободе. Известно было, что снетогор-ские иноки в церковь не ходят, «свою силу едят», «свою силу пьют» и «носят шубы на пуху». Настоятелем выбирали самого бедного монаха, чтобы он чувствовал себя зависимым; келарем — самого богатого, чтобы он отвечал перед вкладчиками личным имуществом. В конце XV века снетогорских иноков начали призывать к порядку.
Несомненно стратегическое значение Снетогорского монастыря, с которым вступила в противоречие свободная жизнь его обитателей. Монастырь контролировал Великую со стороны Псковского озера. Не случайно Гильден-штейн назвал его «подобием замка», над которым подымалась дозорная вышка церкви «под колоколы». Не случайно ее надстроили, превратив в могучую вертикаль. Монастырь мог хорошо укрепиться, а в случае его захвата врагами грозил самому Пскову.
В Смутное время, в 1611 году, «на Снятой горе на осаде Пскову, стояли казаки». В 1615 году здесь находился лагерь шведского короля Густава-Адольфа, а в период восстания псковичей в 1650 году стоял отряд царских войск под командой Хованского.
Большой, красиво расположенный монастырь служил преддверием Пскова. 13 сентября 1472 года здесь вышла из насада (речного судна с высокими бортами) племянница последнего византийского императора Софья Палеолог — невеста великого князя Московского Ивана III, следовавшая из Рима в Москву. Бояре «соустретили» ее на Узмене (то есть узком Теплом озере, на котором в 1240 году было Ледовое побоище).
Выйдя на берег, они «изналивавши кубци и роги злащеныя с медом и с вином, и пришедши к ней челом удариша». По пути во Псков Софья останавливалась «у Николы» в Устье, где она отслужила молебен и ночевала. В Снетогорском монастыре после молебна в Рождественском соборе, где «пеше за нее игумен и с всеми старци», Софья надела «порты царские», то есть царские одежды, и отсюда торжественно въехала во Псков через Варлаамские .ворота. Гостеприимные псковичи поднесли ей пятьдесят рублей, за что она обещала в случае надобности заступаться за них перед великим князем.
В богатом и хорошо защищенном монастыре останавливался новгородский владыка — глава церковной жизни Пскова во время своих «подъездов», когда псковичи делались к нему не очень любезными (обычно он живал в городе). А в 1805 году монастырь превратили в архиерейский дом. Во время наполеоновского нашествия в нем развернули госпиталь.