История Благовещенска начинается с 1856 года, с того момента, когда был основан Усть-Зелейский военный форпост. Именно в 1856 году появилась возможность принятия решения о принадлежности левого берега Амура Российской империи. Для этого, прежде всего, нужно было закрепить на этих землях русское население. 21 мая 1856 года на левый берег Амура, близ устья Зеи высадился военный отряд, насчитывающий около пятисот солдат.
Они начали подготовку территорию для приема первых переселенцев из России: корчевали лес, расчищали землю, заготавливали бревна. Через месяц с небольшим, 29 июня 1856 года прибыла первая группа переселенцев, состоящая из 60-и забайкальских казаков. Перед ними стояла задача продержаться на военном посту всю зиму с тем, чтобы в следующем году встретить новую партию переселенцев. Кроме того, они должны были построить дома для будущих жителей, а также обеспечить храну продовольственных складов и почтового сообщения. На след. год для постоянного проживания прибыло еще около сотни забайкальских казаков.
В 1858 году сложились очень благоприятные условия для закрепления этих земель за Российской империей. Эта миссия была возложена на генерал-губернатора Н.Н. Муравьева, 5 мая 1858 года прибывшего в Усть-Зейск в сопровождении архиепископа Курильского, Камчатского и Алеутского Иннокентия (Вениаминова).
Уже через несколько дней владыкой Иннокентием в Усть-Зейской станице был заложен первый камень храма Благовещения Пресвятой Богородицы. Имя этого храма впоследствии дало название городу.
12 мая 1858 года российские чиновники внешнеполитического ведомства начали переговоры с представителями китайской империи. Переговоры длились 5 дней. 16 мая был заключен Айгунский договор, по решению которого весь левый берег Амура признавался российским. На следующий день Н.Н. Муравьев с триумфом вернулся в Усть-Зейскую станицу. Тогда же был отслужен благодарственный молебен в главной церкви станицы.
21 мая текст договора был отправлен для ознакомления Александру II. Император возвел Н.Н. Муравьева, разрешившего сложную территориальную задачу, в графское достоинство с добавлением к фамилии Амурский. Более двухсот человек, активно участвовавших в переговорах и подписании договора, были представлены к наградам.
5 июля 1858 года, по указу императора, на месте Усть-Зейской станицы был основан город Благовещенск, вслед за этим событием была учреждена Амурская область, административным центром которой стал Благовещенск.
В 1865 году частные лица получили разрешение на добычу золота в Амурской области. В связи с этим золотодобыча стала неразрывно связана с дальнейшим развитием города на многие годы. В 1894 году на Амуре было добыто 13 тонн золота. Благодаря интенсивной золотодобыче стал быстро развиваться водный транспорт, так как добраться до удаленных приисков было возможно только по воде. Но в Благовещенске развивалась не только золотодобыча, но и сельское хозяйство.
В 1890 годы среднее количество производства зерна на одного человека составляло приблизительно пятьдесят пудов, тогда как в черноземных Новгородской и Московской губернии менее тридцати пудов. В 1888 году купец Н.С. Львов основал первый чугунолитейный завод в Приамурье. Так же была высоко развита деревообрабатывающая промышленность. В конце XIX века город стал крупным промышленным центром и речным портом.
К 1905 году в порту Благовещенска насчитывалось более двухсот барж и полторы сотни пароходов. Но все-таки, несмотря на это, Благовещенск был купеческим городом. В городе работало несколько крупных торговых домов и и множество предпринимательских формирований, которые обеспечивали горожан разнообразными товарами. 13 декабря 1913 года из Благовещенска в Санкт-Петербург отправился первый поезд.
Первые известия об Октябрьской революции и тексты декретов советской власти были получены в Благовещенске 17 ноября 1917 года. В городе формировалась новая власть. Возникали комитеты и рабоче-крестьянские советы, которые спешно сменяли друг друга. А в 1918 году атаман И.М. Гамов поднял восстание против советской власти. Казаки, во главе которых стоял Гамов, захватили город и арестовали всех членов Облисполкома.
В ноябре 1922 года Амурской области присвоили статус губернии, а Благовещенску — губернского центра. Этот статуссохранялся до 1926 г. В 20-е годы в городе развивалась торговля, а вместе с ней контрабанда и товарообмен.
С 1937 года ситуация в городе заметно ухудшилась. Прежде всего это было связано с повсеместно внедряемой коллективизацией и лишением области золотодобывающей промышленности. Но при этом, именно в 30-е годы начал свою работу завод «Амурский металлист», открылись швейная и кондитерская фабрики, был переоснащен спичечный завод.
В это же время за Амуром, в Маньчжурии, возобновили военные действия японцы, захватившие эту территорию в 1932 году. Они объединили свои усилия с российскими эмигрантами для захвата власти в Амурской области, которые образовали Всероссийскую фашистскую партию, просуществовавшую в 1931-1943 годы в Китайской республике и Маньчжоу-го (марионеточное государство, образованное японской военной администрацией на территории Маньчжурии).
В августе 1945 года Вторая Краснознаменная армия переправилась через Амур для того, чтобы разгромить японских солдат на территории Маньчжурии. В память об этом событии на набережной Благовещенска установлен памятник-бронекатер.
До конца 1980х годов въезд иностранцев в пограничный Благовещенск был воспрещен, для жителей других городов Союза введены ограничения на въезд. Для того, чтобы житель другого города смог попасть в Благовещенск требовалось приглашение родственников или друзей и специальное разрешение. Из-за этого обстоятельства в Благовещенске практически отсутствовала преступность, однако это не способствовало улучшению демографической ситуации. К столетнему юбилею в 1958 году, население Благовещенска составляло около ста тысяч человек.