Первые жители пришли на плато Юкон из Азии через Берингов перешеек более 10 000 лет назад.
Индейцы Юкона являются коренными жителями этого региона наряду с инуитами, населявшими арктическое побережье. Вплоть до 1850-х годов индейцы являлись практически единственными жителями этой территории. Сейчас же они составляют четверть населения Юкона (7587 из 30372 человек по данным переписи 2006 года).
Основную часть территории современного Юкона заселяли различные племена атабасков. На севере, в бассейнах рек Пил и Поркьюпайн жили индейцы кучины, или гвичин, как они себя называют. В среднем течении реки Юкон, по границе с Аляской жили близкие им индейцы хан.
Большую часть центрального Юкона, в бассейнах рек Пелли и Стьюарт, занимали северные тутчоне, а юго-западного — южные тутчоне. На юго-востоке, в бассейне реки Лиард жили индейцы каска. На юге, в районе озёр в верховьях Юкона жили близкие им тагиш. На юго-западе, в верховьях реки Уайт-Ривер жили верхние танана.
Помимо атабасков, на арктическом побережье современного Юкона, в том числе на острове Хершел, жили инуиты (эскимосы). А на юге, по реке Теслин жили материковые тлингиты (теслин). Находящиеся на крайнем юго-западе Юкона горы Святого Ильи, покрытые снегами, были незаселены.
Оценки численности населения Юкона в начале XIX века сильно разнятся. Ранее историки предполагали, что на территории жили 8000 человек, от 7000 до 8000 человек, или более 9000 человек. Другие оценки говорят, что к 1830-му году численность коренного населения составляла 4700 человек.
Во всех частях территории образ жизни индейцев зависел от природных богатств конкретной местности. Тлингиты передвигались небольшими группами по своей территории и занимались охотой и собирательством. На севере осенняя миграция оленей карибу в районе реки Поркьюпайн привлекала всех окрестных жителей. Для ловли животных строили специальный загон из двух длинных деревянных направляющих с ловушкой в конце. Животное, попавшее в ловушку, убивалось с помощью луков и стрел. Около десяти племён кучинов занимались охотой на лосей и ловлей лосося. По уровню развития технологий они были схожи с другими индейцами Субарктики, при этом присутствовали и западные элементы: большие металлические ножи, сани, переносные тенты из шкур карибу. Индейцы племени хан, жившие по реке Юкон, сделали основой своего питания рыбу.
Ещё до прихода европейцев индейцы научились добывать медь в районе Уайт-Ривер. Они украшали медными наконечниками свои стрелы, а также торговали медью. После высадки европейцев на северо-западе континента (русских в 1740-х годах и британцев в 1770-х) торговля претерпела существенные изменения, а племена индейцев начали менять свои ареалы обитания. Кроме того, европейцы принесли с собой множество заболеваний, существенно сократив и без того небольшую численность первых народов. Резкое сокращение численности отражено в устной традиции индейцев Юкона.